增值稅專用發(fā)票丟失處理如下所示：

如果增值稅專用發(fā)票丟失超過90天就不能抵扣進項稅額了，可價稅合計記入庫存商品成本。

國稅發(fā)［2006］156號明確，一般納稅人丟失已開具的增值稅專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)和抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)增值稅專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證；

如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應(yīng)增值稅專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件到主管稅務(wù)機關(guān)進行認證，認證相符的憑該專用發(fā)票記賬聯(lián)復印件及銷售方所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具的《丟失增值稅專用發(fā)票已報稅證明單》，經(jīng)購買方主管稅務(wù)機關(guān)審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

一般納稅人丟失已開具增值稅專用發(fā)票的抵扣聯(lián)，如果丟失前已認證相符的，可使用增值稅專用發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椋?/span>

如果丟失前未認證的，可使用增值稅專用發(fā)票聯(lián)到主管稅務(wù)機關(guān)認證，增值稅專用發(fā)票聯(lián)復印件留存?zhèn)洳�。一般納稅人丟失已開具增值稅專用發(fā)票的發(fā)票聯(lián)，可將增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)作為記賬憑證，增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)復印件留存?zhèn)洳椤?/span>